세관장은 다음 중 어느 하나에 해당하는 자가 소유하거나 관리하는 토지·건물 또는 그 밖의 시설(이하 “토지등”이라 한다)을 지정보세구역으로 지정할 수 있습니다(「관세법」 제166조제1항).
국가
지방자치단체
공항시설 또는 항만시설을 관리하는 법인
세관장은 해당 세관장이 관리하지 않는 토지등을 지정보세구역으로 지정하려면 해당 토지등의 소유자나 관리자의 동의를 받아야 합니다. 이 경우 세관장은 임차료 등을 지급할 수 있습니다(「관세법」 제166조제2항).
지정장치장
지정장치장이란 통관을 하려는 물품을 일시적으로 장치하기 위한 장소로서 세관장이 지정하는 구역을 말합니다(「관세법」 제169조).
장치기간
지정장치장에 물품을 장치하는 기간은 6개월의 범위에서 관세청장이 정합니다. 다만, 관세청장이 정하는 기준에 따라 세관장은 3개월의 범위에서 그 기간을 연장할 수 있습니다(「관세법」 제170조).
보관책임
지정장치장에 반입한 물품은 화주 또는 반입자가 그 보관의 책임을 집니다(「관세법」 제172조제1항).
세관장은 지정장치장의 질서유지와 화물의 안전관리를 위해 필요하다고 인정하는 경우 화주를 갈음해 보관책임을 지는 화물관리인을 지정할 수 있습니다(「관세법」 제172조제2항 본문).
다만, 세관장이 관리하는 시설이 아닌 경우 세관장은 해당 시설의 소유자나 관리자와 협의해 화물관리인을 지정해야 합니다(「관세법」 제172조제2항 단서).
보관비용
지정장치장의 화물관리인은 화물관리에 필요한 비용을 화주로부터 징수하고, 징수한 비용 중 세관설비 사용료에 해당하는 금액을 세관장에게 납부해야 합니다(「관세법」 제172조제3항 및 제4항).
세관검사장
세관검사장은 세관장이 지정하는 지역으로 통관하려는 물품을 검사하기 위한 장소를 말합니다(「관세법」 제173조제1항).
세관장은 검사를 받을 물품의 전부 또는 일부를 세관검사장에 반입해 검사할 수 있으며, 물품의 채취·운반 등에 필요한 비용은 화주가 부담합니다(「관세법」 제173조제2항 및 제3항 본문).
다만, 국가는 중소기업 또는 중견기업이 화주인 컨테이너 운송 물품으로서, 별도 검사 장소로 이동하여 검사한 결과 물품의 수출입과 관련된 법령을 위반하지 아니하고 제출한 신고 자료가 실제 물품과 일치하는 등 기준을 충족하는 경우, 예산의 범위에서 관세청장이 정하는 바에 따라 해당 검사비용을 지원할 수 있습니다(「관세법」 제173조제3항 단서 및 「관세법 시행령」 제187조의4).
※ 수출입 컨테이너 화물에 대한 검사비용 지원에 관한 자세한 내용은 「수출입화물 검사비용 지원 사무처리에 관한 고시」(관세청고시 제2024-42호, 2024. 9. 11. 발령·시행)를 참조하시기 바랍니다.
지정취소
세관장은 수출입 물량이 감소하거나 그 밖의 사유로 지정보세구역의 전부 또는 일부를 보세구역으로 존속시킬 필요가 없어졌다고 인정될 경우 그 지정을 취소해야 합니다(「관세법」 제167조).
지정처분
지정보세구역의 지정을 받은 토지등의 소유자나 관리자는 다음 행위를 하려면 미리 세관장과 협의해야 합니다(「관세법」 제168조제1항 본문).
해당 토지등의 양도, 교환, 임대 또는 그 밖의 처분이나 그 용도의 변경
해당 토지에 대한 공사나 해당 토지 안에 건물 또는 그 밖의 시설의 신축
해당 건물 또는 그 밖의 시설의 개축·이전·철거나 그 밖의 공사
다만, 해당 행위가 지정보세구역으로서의 사용에 지장을 주지 않거나 지정보세구역으로 지정된 토지등의 소유자가 국가 또는 지방자치단체인 경우에는 그렇지 않습니다(「관세법」 제168조제1항 단서).
금융기관 또는 공인 감정기관의 감정평가서 또는 공시가격(토지) 및 지자체 시가 표준액(건물)을 확인할 수 있는 서류 (개인의 경우에만 해당한다)
임대차계약서(임차의 경우에 한함)
해당 보세창고의 운영과 관계있는 임원의 인적사항(성명, 주민등록번호, 주소, 등록기준지)
위험물품을 취급하는 경우 관계 행정기관 장의 허가서(승인서) 및 위험물품취급자 채용관계서류
보세창고의 도면 및 부근 위치도
신청인이 외국인(법인의 경우에는 임원이 외국인인 경우를 말한다)인 경우에는 다음의 구분에 따른 서류
√ 「외국공문서에 대한 인증의 요구를 폐지하는 협약」을 체결한 국가의 경우: 해당 국가의 정부 그 밖에 권한 있는 기관이 발행한 서류이거나 공증인이 공증한 해당 외국인의 진술서로서 해당 국가의 아포스티유(Apostille) 확인서 발급 권한이 있는 기관이 그 확인서를 발급한 서류
√ 「외국공문서에 대한 인증의 요구를 폐지하는 협약」을 체결하지 않은 국가의 경우: 해당 국가의 정부 그 밖에 권한 있는 기관이 발행한 서류이거나 공증인이 공증한 해당 외국인의 진술서로서 해당 국가에 주재하는 우리나라 영사가 확인한 서류
관세청장은 직권으로 또는 관계 중앙행정기관의 장이나 지방자치단체의 장, 그 밖에 종합보세구역을 운영하려는 자(이하 “지정요청자”라 한다)의 요청에 따라 종합보세구역을 지정할 수 있습니다(「관세법」 제197조제1항).
역할
종합보세구역에서는 보세창고·보세공장·보세전시장·보세건설장 또는 보세판매장의 기능 중 둘 이상의 기능을 수행할 수 있습니다(「관세법」 제197조제2항).
지정신청요건
관세청장은 종합보세구역으로 요청된 지역에 입주했거나 입주할 업체들이 다음 요건에 해당하는 경우 해당 지역을 종합보세구역으로 지정할 수 있습니다[「종합보세구역의 지정 및 운영에 관한 고시」(관세청고시 제2024-3호, 2024. 1. 22. 발령·시행) 제6조제1항 본문].
자율관리보세구역의 지정신청을 받은 세관장은 지정요건을 검토하여 보세화물관리 및 세관감시감독에 지장이 없다고 판단되면 자율관리보세구역으로 지정합니다[「자율관리 보세구역 운영에 관한 고시」(관세청 고시 제2019-73호, 2019. 12. 20. 발령·시행) 제4조제2항].
세관장은 신청인에게 자율관리 보세구역 지정서를 교부해야 하며, 그 지정사실을 사단법인 한국관세물류협회장에게 통보해야 합니다(「자율관리 보세구역 운영에 관한 고시」 제4조제2항 및 별지 제2호서식).
개념 
보세제도
보세제도란 외국물품을 수입신고한 후 수리가 되지 않은 상태에서 장치, 전시, 제조, 가공, 건설, 판매 등을 할 수 있도록 허용한 관세법상의 제도를 말합니다.
수출입 및 반송 등 통관을 하려는 외국물품의 장치