특별시장·광역시장·특별자치시장·도지사 또는 특별자치도지사(이하 “시·도지사”라 함)는 조정사유 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 배출부과금을 다시 산정하여 조정하되, 이미 낸 금액과 조정된 금액에 차이가 있는 경우 그 차액을 다시 부과하거나 환급해야 합니다(「물환경보전법 시행령」 제54조제1항).
① 배출시설에 대한 기준초과량의 산정에 따른 개선(가동중지 및 전량 위탁처리 포함)기간 만료일, 명령이행완료 예정일, 허가취소일 또는 위반행위 중지일까지 개선·명령의 이행 또는 위반행위의 중지가 완료되지 않거나 그 기간에 개선·명령의 이행 또는 위반행위의 중지가 완료되어 초과배출부과금 산정의 기초가 되는 수질오염물질의 배출기간이 달라지게 된 경우
② 초과배출부과금의 부과 후 수질오염물질의 배출상태가 처음 측정할 때와 달라졌다고 인정하여 다시 점검한 결과 수질오염물질의 배출량이 처음 측정한 배출량과 다른 경우
③ 사업자가 제출한 확정배출량의 산정에 착오가 있거나 시·도지사가 조정한 기준 이내 배출량이 잘못 조정된 경우
배출부과금 납부통지서를 받은 사업자는 배출부과금 조정사유 중 어느 하나에 해당하는 때에는 배출부과금 조정신청서에 조정사유에 해당함을 증명하는 서류 1부를 첨부하여 시·도지사에게 제출함으로 배출부과금의 조정신청을 할 수 있습니다(「물환경보전법 시행령」 제55조제1항, 「물환경보전법 시행규칙」 제58조제3항 및 별지 제27호서식).
배출부과금의 조정 
배출부과금의 재산정(再算定) 또는 환급
특별시장·광역시장·특별자치시장·도지사 또는 특별자치도지사(이하 “시·도지사”라 함)는 조정사유 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 배출부과금을 다시 산정하여 조정하되, 이미 낸 금액과 조정된 금액에 차이가 있는 경우 그 차액을 다시 부과하거나 환급해야 합니다(
위 ①의 사유에 따른 초과배출부과금의 조정부과 또는 환급은 그 배출시설 또는 방지시설에 대한 개선·명령의 이행완료 또는 위반행위의 중지 여부를 확인받은 날부터 30일 이내에 해야 합니다(