농지보전부담금은 부과기준일 현재 가장 최근에 공시된 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 해당 농지의 개별공시지가의 100분의 30으로 하되, 농업진흥지역과 농업진흥지역 밖의 농지를 차등하여 부과기준을 적용할 수 있으며, 부과기준일은 다음의 구분에 따릅니다(「농지법」 제38조제7항 및 「농지법 시행령」 제53조제1항·제3항).
농림축산식품부장관이나 시장·군수 또는 자치구구청장이 농지전용의 허가 또는 농지전용의 신고수리를 하려는 때에는 농지보전부담금의 전부 또는 일부를 미리 납부하게 하여야 합니다(「농지법 시행령」 제45조제1항).
농지전용협의를 거친 농지 또는 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거친 농지(「농지법」 제38조제1항제2호부터 제4호까지)의 규정에 따른 농지보전부담금의 납부대상이 되는 농지의 전용이 수반되는 인가·허가·승인·신고 수리 등(이하 "인가등"이라 함)을 하려는 관계 행정기관의 장은 농지보전부담금이 납부되었는지 확인한 후 인가등을 하여야 합니다(「농지법 시행령」 제45조제2항).
위에 따라 인가등을 하려는 관계 행정기관의 장은 인가등의 신청이 있은 때에는 지체 없이 그 사실을 농림축산식품부장관(「농지법 시행령」 제71조제1항제5호 및 같은 조 제2항제4호에 따라 농지보전부담금의 부과·징수 등에 관한 권한을 위임받은 자를 포함) 및 해당 농지의 관할 시장·군수 또는 자치구구청장에게 통보하여야 합니다(「농지법 시행령」 제46조제1항).
농림축산식품부장관은 농지보전부담금의 전부 또는 일부를 미리 납부하게 하거나 「농지법 시행령」 제46조에 따른 통보 또는 통지를 받은 때에는 농지보전부담금의 부과에 관한 다음의 사항을 결정하여야 합니다(「농지법 시행령」 제47조제1항).
농지보전부담금의 부과금액
농지보전부담금이 감면되는 시설인 경우에는 그 감면비율
그 밖에 농지보전부담금의 징수에 필요한 사항
한국농어촌공사는 농림축산식품부장관으로부터 농지보전부담금부과결정서를 통보를 받으면 그 통보받은 내용에 따라 농지보전부담금을 내야 하는 자에게 농지보전부담금의 납입을 통지해야 합니다(「농지법 시행령」 제49조제1항).
한국농어촌공사가 농지보전부담금의 납입을 통지하는 때에 납입금액 및 그 산출근거, 납입기한과 납입장소를 구체적으로 알려줍니다(「농지법 시행령」 제49조제2항).
농지보전부담금의 납부기한은 납부통지서 발행일부터 농지전용허가 또는 농지전용신고(다른 법률에 따라 농지전용허가 또는 농지전용신고가 의제되는 인가·허가·승인 등을 포함함) 전까지로 합니다(「농지법 시행령」 제49조제3항).
농림축산식품부장관은 납부의무자가 농지보전부담금으로 납부한 금액 중 과오납입한 금액이 있거나 환급하여야 할 금액이 있으면 지체 없이 그 과오납액 또는 환급금액을 농지보전부담금환급금으로 결정하고 이를 농지보전부담금납부자와 한국농어촌공사에 각각 통지하여야 합니다. 다만, 농지의 원상회복을 명한 경우에는 농지의 원상회복 여부를 확인한 후에 통지하여야 합니다(「농지법 시행령」 제51조제1항).
농림축산식품부장관이 농지보전부담금환급금을 통지하는 때에는 농지보전부담금환급금에 다음의 어느 하나에 해당하는 날의 다음 날부터 환급결정을 하는 날까지의 기간과 국세환급가산금의 이율(「국세기본법 시행령」 제43조의3제2항)에 따라 계산한 금액을 환급가산금으로 결정하고 이를 농지보전부담금환급금과 함께 통지해야 합니다(「농지법 시행령」 제51조제2항).
√ 착오납입·이중납입 또는 납입 후의 그 부과의 취소·정정으로 인한 농지보전부담금환급금에 있어서는 그 납입일. 다만, 그 농지보전부담금이 2회 이상 분할납입된 것인 때에는 그 최후의 납입일로 하되, 농지보전부담금환급금이 최후에 납입된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지의 납입일의 순서로 소급하여 계산한 농지보전부담금환급금의 각 납입일로 합니다.
√ 납입자에게 책임이 있는 사유로 인하여 농지전용허가가 취소된 경우의 농지보전부담금환급금에 있어서는 그 취소일. 다만, 농지의 원상회복(「농지법」 제42조제1항제3호)을 명한 경우에는 농지의 원상회복일로 합니다.
√ 농지보전부담금을 납부하고 농지전용허가 또는 농지전용신고(다른 법률에 따라 농지전용허가 또는 농지전용신고가 의제되는 인가·허가·승인 등을 포함함) 등이 되지 아니한 경우의 농지보전부담금환급금에 있어서는 농지보전부담금의 납부일로 합니다.
√ 납입자의 사업계획의 변경 그 밖에 이에 준하는 사유로 인한 농지보전부담금환급금에 있어서는 그 변경허가일 또는 이에 준하는 행정처분의 결정일. 다만, 농지의 원상회복(「농지법」 제42조제1항제4호)을 명한 경우에는 농지의 원상회복일로 합니다.
다음의 어느 하나에 해당하면 농지보전부담금이 감면될 수 있습니다(「농지법」 제38조제6항).
국가나 지방자치단체가 공용 목적이나 공공용 목적으로 농지를 전용하는 경우
중요 산업 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우
농업인 주택, 농축산업용 시설［개량시설과 농축산물 생산시설(「농지법」 제2조제1호나목)은 제외］, 농수산물 유통·가공 시설, 어린이놀이터·마을회관 등 농업인의 공동생활 편의 시설, 농수산 관련 연구 시설과 양어장·양식장 등 어업용 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우(「농지법」 제35조제1항)
농지보전부담금의 부과 및 납부 
농지보전부담금의 개념
"농지보전부담금"이란 농지전용허가를 받는 자가 농지의 보전·관리 및 조성을 위해 농지관리기금을 운용·관리하는 자에게 내는 부담금을 말합니다(
농지전용허가(