지원을 받기 위해서는 주무관청의 허가를 받아 등기한 법인이라도 그의 주된 공익활동을 주관하는 중앙행정기관의 장, 특별시장·광역시장·특별자치시장·도지사 또는 특별자치도지사(이하 '시·도지사'라 함)나 「지방자치법」 제198조제2항제1호에 따른 인구 100만 이상 대도시(이하 "특례시"라 함)의 장에게 등록을 신청해야 합니다(「비영리민간단체 지원법」 제4조제1항 및 「비영리민간단체 지원법 시행령」 제3조제1항).
사업범위가 2개 이상의 특별시·광역시·특별자치시 또는 도(이하 '시·도'라 함)에 걸쳐 있고, 2개 이상의 시·도에 사무소를 설치·운영하고 있는 단체인 경우에는 그 주된 공익활동을 주관하는 중앙행정기관의 장에게 신청합니다.
그 밖의 단체인 경우에는 해당 단체의 사무소(사무소가 2개 이상인 경우에는 주된 사무소를 말함)가 소재하는 시·도의 시·도지사에게 신청해야 합니다.
단체의 사무소가 특례시에만 있고 그 사업범위가 해당 특례시에 한정되는 경우에는 그 특례시의 장에게 제출해야 합니다.