질병관리청장, 특별시장·광역시장·특별자치시장·도지사·특별자치도지사(이하 “시·도지사”라 함) 또는 시장·군수·구청장은 감염병이 유행하면 감염병 전파를 막기 위해 감염병의심자를 적당한 장소에 일정한 기간 격리시키는 조치를 하거나 그에 필요한 일부 조치를 해야 합니다(「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」 제47조제3호).
질병관리청장은 검역감염병 유입과 전파를 차단하기 위해 검역감염병에 감염되었거나 감염된 것으로 의심되는 사람, 검역감염병 병원체에 오염되었거나 오염된 것으로 의심되거나 감염병 매개체가 서식하는 것으로 의심되는 운송수단이나 화물에 대하여 다음 각 호의 전부 또는 일부의 조치를 할 수 있습니다(「검역법」 제15조제1항, 제2조제5호, 「검역법 시행규칙」 제10조).
검역감염병 환자, 검역감염병 의사환자 및 병원체 보유자(이하 "검역감염병 환자등"이라 함)를 격리시키는 것
검역감염병 접촉자 또는 검역감염병 위험요인에 노출된 다음의 사람을 감시하거나 격리시키는 것
√ 검역감염병 환자등과 같은 운송수단에 탑승한 사람
√ 검역감염병 환자등과 같은 공간에 감염우려가 있는 시간에 있었던 사람
검역감염병 병원체에 오염되었거나 오염된 것으로 의심되는 화물을 소독 또는 폐기하거나 옮기지 못하게 하는 것
검역감염병 병원체에 오염되었거나 오염된 것으로 의심되는 곳을 소독하거나 사용을 금지 또는 제한하는 것
검역감염병 병원체 오염 여부를 확인할 필요가 있다고 인정되는 운송수단 및 화물을 검사하는 것
감염병 매개체가 서식하거나 서식하는 것으로 의심되는 운송수단과 화물을 소독하고 감염병 매개체를 없애도록 운송수단의 장이나 화물의 소유자 또는 관리자에게 명하는 것
검역감염병의 감염 여부를 확인할 필요가 있다고 인정되는 사람을 진찰하거나 검사하는 것
검역감염병의 예방이 필요한 사람에게 예방접종을 하는 것
질병관리청장은 검역감염병 환자 등을 다음 어느 하나에 해당하는 시설에 격리해야 합니다(「검역법」 제16조제1항 본문).
※ 다만, 사람 간 전파가능성이 낮은 경우 등 질병관리청장이 정하는 경우는 격리 대상에서 제외할 수 있습니다(「검역법」 제16조제1항 단서).
질병관리청장은 검역감염병 환자 등이 많이 발생하여 위에 따른 격리시설이나 감염병관리기관 등이 부족한 경우에는 다음과 같이 임시 격리시설을 설치·운영할 수 있습니다(「검역법」 제16조제2항 및 「검역법 시행규칙」 제14조).
검역소 내의 별도로 구획된 시설
검역감염병 환자 등이 발생한 운송수단
국제공항 및 국제여객터미널 등 검역구역 내에 관계 행정기관의 장과 협의하여 지정하는 시설
간이 진료시설 설치와 격리가 가능한 숙박시설로서 관계 행정기관의 장 및 시·도지사 또는 시장·군수·구청장(자치구의 구청장을 말함)과 협의하여 지정하는 시설
질병관리청장은 검역감염병 접촉자 또는 검역감염병 위험요인에 노출된 사람이 입국 후 거주하거나 체류하는 지역의 특별자치도지사·특별자치시장·시장·군수·구청장에게 건강 상태를 감시하거나 「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」 제49조제1항에 따라 격리시킬 것을 요청할 수 있습니다(「검역법」 제17조제1항).
학교 등
어린이집
어린이집의 원장은 다음의 어느 하나에 해당하는 영유아 및 어린이집 거주자를 어린이집으로부터 격리시키고, 보육교직원을에 대해서는 격리 및 휴직 등의 근무 제한 조치를 할 수 있습니다(「영유아보육법」 제32조제2항 및 「영유아보육법 시행규칙」 제33조의2).
√ 「영유아보육법」 제31조에 따른 건강진단의 결과나 그 밖에 의사의 진단 결과 감염병에 감염 또는 감염된 것으로 의심되거나 감염될 우려가 있는 사람
지도·감독기관(국립유치원인 경우에는 교육부장관, 공립·사립유치원인 경우에는 교육감을 말함. 이하 "관할청"이라 함)은 재해 등의 긴급한 사유로 정상적인 교육이 불가능하다고 인정하는 경우에는 원장에게 휴업을 명할 수 있으며, 명령을 받은 원장은 지체없이 휴업을 해야 합니다(「유아교육법」 제31조제1항·제2항).
관할청은 위에 따른 명령에도 불구하고 휴업을 하지 않거나 특별히 긴급한 사유가 있는 경우에는 휴원처분을 할 수 있습니다(「유아교육법」 제31조제3항).
위에 따라 휴업된 유치원은 휴업기간중 해당 유치원에서 교육받는 유아의 등교와 교육이 정지되며, 휴원된 유치원은 휴원기간중 단순한 관리업무 외에 유치원의 모든 기능이 정지 됩니다(「유아교육법」 제31조제4항).
초·중·고등학교
지도·감독기관(국립학교는 교육부장관, 공립·사립 학교는 교육감을 말함. 이하 "관할청"이라 함)은 재해 등의 긴급한 사유로 정상수업이 불가능하다고 인정하는 경우에는 학교의 장에게 휴업을 명할 수 있으며, 명령을 받은 학교의 장은 지체 없이 휴업을 해야 합니다(「초·중등교육법」 제64조제1항·제2항).
관할청은 학교의 장이 위에 따른 명령에도 불구하고 휴업을 하지 않거나 특별히 긴급한 사유가 있는 경우에는 휴교처분을 할 수 있습니다(「초·중등교육법」 제64조제3항).
위에 따라 휴업한 학교는 휴업기간 중 수업과 학생의 등교가 정지되며, 휴교한 학교는 휴교기간 중 단순한 관리 업무 외에는 학교의 모든 기능이 정지됩니다(「초·중등교육법」 제64조제4항).
학교의 장은 비상재해 및 그 밖의 급박한 사정이 발생한 때에는 임시휴업을 할 수 있습니다. 이 경우 학교의 장은 지체없이 관할청에 이를 보고해야 합니다(「초·중등교육법 시행령」 제47조제2항·제3항).
수용시설 등
보호소년 격리 수용
소년원장 또는 소년분류심사원장(이하 "원장"이라 함)은 소년원이나 소년분류심사원에서 감염병이 발생하거나 발생할 우려가 있을 때에는 이에 대한 상당한 조치를 해야 합니다(「보호소년 등의 처우에 관한 법률」 제21조제1항).
담당의사는 보호외국인이 감염병 등으로 격리 보호가 필요하다고 진단된 경우에는 보호외국인에 대해 적절한 조치를 하고, 소견서를 작성하여 출입국·외국인청장, 출입국·외국인사무소장, 출입국·외국인청 출장소장, 출입국·외국인사무소 출장소장 또는 외국인보호소장(이하 "청장 등"이라 함)에게 보고해야 합니다(「외국인보호규칙」 제7조제4항 및 제2조제3호).
청장 등은 보호외국인이 감염병에 걸렸거나 걸렸다고 의심될 때에는 지체 없이 다른 보호외국인과 격리시킨 후 관할 보건소장에게 이를 알려야 합니다(「외국인보호규칙」 제22조제1항).
감염병 환자 관리 
환자 파악 및 관리
보건소장은 관할구역에 거주하는 감염병환자 등에 관하여 신고를 받았을 때에는 기록하고 감염병환자 등의 명부를 작성하여 관리해야 합니다(
검역감염병 환자, 검역감염병 의사환자 및 병원체 보유자(이하 "검역감염병 환자등"이라 함)를 격리시키는 것