허가를 받아 설립된 비영리법인, 비영리외국법인, 사회적협동조합, 공공기관(공기업은 제외함) 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관 등(이하 “법인 등”이라 함)은 다음과 같이 국세청장(주사무소 및 본점소재지 관할 세무서장을 포함함. 이하 같음)의 추천을 받아 기획재정부로부터 공익법인등(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 에서 “공익법인등”이라 함)으로 지정받을 수 있습니다(「법인세법 시행령」 제39조제1항제1호바목 및 기획재정부 홈페이지-민원-주요질문모음).
다음의 요건을 모두 충족한 비영리법인 또는 사회적협동조합 및 비영리외국법인 등은 국세청장에게 공익법인등 지정을 위한 추천 신청을 할 수 있습니다(「법인세법 시행령」 제39조제1항제1호바목).
다음의 구분에 따른 요건을 갖출 것
√ 「민법」상 비영리법인 또는 비영리외국법인의 경우: 정관의 내용상 수입을 회원의 이익이 아닌 공익을 위해 사용하고 사업의 직접 수혜자가 불특정 다수일 것(비영리외국법인의 경우 추가적으로 「재외동포의 출입국과 법적 지위에 관한 법률」 제2조에 따른 재외동포의 협력·지원, 한국의 홍보 또는 국제교류·협력을 목적으로 하는 것일 것). 다만, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제38조제8항제2호 각 목 외의 부분 단서에 해당하는 경우에는 해당 요건을 갖춘 것으로 봄
√ 사회적협동조합의 경우: 정관의 내용상 「협동조합 기본법」 제93조제1항제1호부터 제3호까지의 사업 중 어느 하나의 사업을 수행하는 것일 것
√ 공공기관 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관의 경우: 설립목적이 사회복지·자선·문화·예술·교육·학술·장학 등 공익목적 활동을 수행하는 것일 것
해산하는 경우 잔여재산을 국가·지방자치단체 또는 유사한 목적을 가진 다른 비영리법인에 귀속하도록 한다는 내용이 정관에 포함되어 있을 것
인터넷 홈페이지가 개설되어 있고, 인터넷 홈페이지를 통해 연간 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한다는 내용이 정관에 포함되어 있으며, 재지정의 경우 매년 기부금 모금액 및 활용실적을 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 해당 비영리법인 및 국세청의 인터넷 홈페이지에 각각 공개하였을 것
비영리법인으로 지정 고시된 날이 속하는 연도와 그 직전 연도에 해당 비영리법인의 명의 또는 그 대표자의 명의로 특정 정당 또는 특정인에 대한 「공직선거법」 제58조제1항에 따른 선거운동을 한 것으로 권한 있는 기관이 확인한 사실이 없을 것
지정이 취소된 경우에는 그 취소된 날부터 3년, 재지정을 받지 못하게 된 경우에는 그 지정기간의 종료일부터 3년이 지났을 것(추천대상 요건 충족을 위반한 사유만으로 지정을 취소하거나 재지정을 하지 않은 경우는 제외함)
제출서류
공익법인등 지정을 위해 비영리법인 또는 사회적협동조합 및 비영리외국법인 등은 해당 분기 마지막 달의 전전달 10일까지 국세청장에게 제출해야합니다(「법인세법 시행규칙」 제18조3제2항).
공익법인등(종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립된 비영리법인은 제외함)은 지정기간(아래 4.의 경우는 지정일이 속하는 연도의 직전 연도를 포함함) 동안 다음의 의무를 이행해야 합니다(「법인세법 시행령」 제39조제5항).
1. 「법인세법 시행령」 제1항제1호바목1)부터 3)까지에 해당하는 공익법인등 신청 요건을 모두 충족할 것(법인만 해당함)
2. 다음의 구분에 따른 의무를 이행할 것
「민법」상 비영리법인 또는 비영리외국법인의 경우: 수입을 회원의 이익이 아닌 공익을 위해 사용하고 사업의 직접 수혜자가 불특정 다수일 것(비영리외국법인의 경우 추가적으로 「재외동포의 출입국과 법적 지위에 관한 법률」 제2조에 따른 재외동포의 협력·지원, 한국의 홍보 또는 국제교류·협력을 목적으로 하는 사업을 수행할 것). 다만, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제38조제8항제2호 각 목 외의 부분 단서에 해당하는 경우에는 해당 의무를 이행한 것으로 봄
사회적협동조합의 경우 : 「협동조합 기본법」 제93조제1항제1호부터 제3호까지의 사업 중 어느 하나의 사업을 수행할 것
공공기관 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관의 경우: 사회복지·자선·문화·예술·교육·학술·장학 등 공익목적 활동을 수행할 것
3. 기부금 모금액 및 활용실적을 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 해당 공익법인등과 국세청의 인터넷 홈페이지에 각각 공개(이 경우 국세청의 인터넷 홈페이지에는 「법인세법 시행규칙」 별지 제63호의7서식에서 정하는 기부금 모금액 및 활용실적 명세서에 따라 공개해야 함)할 것.
4. 해당 공익법인등의 명의 또는 그 대표자의 명의로 특정 정당 또는 특정인에 대한 「공직선거법」 제58조제1항에 따른 선거운동을 한 것으로 권한 있는 기관이 확인한 사실이 없을 것
5. 각 사업연도의 수익사업의 지출을 제외한 지출액의 100분의 80 이상을 직접 고유목적사업에 지출할 것
공익법인등(기존 지정기부금단체) 지정방법 
공익법인등 지정절차
허가를 받아 설립된 비영리법인, 비영리외국법인, 사회적협동조합, 공공기관(공기업은 제외함) 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관 등(이하 “법인 등”이라 함)은 다음과 같이 국세청장(주사무소 및 본점소재지 관할 세무서장을 포함함. 이하 같음)의 추천을 받아 기획재정부로부터 공익법인등(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 에서 “공익법인등”이라 함)으로 지정받을 수 있습니다(
다음의 구분에 따른 요건을 갖출 것