사회적협동조합은 정관에 포함되는 사항 중 ① 목적, ② 명칭 및 주된 사무소의 소재지가 변경되면 주된 사무소 및 해당 지사무소의 소재지에서 각각 21일 이내에 변경등기를 하여야 합니다(「협동조합 기본법」 제64조제1항 및 제110조).
변경등기를 할 때에는 이사장이 신청인이 되며, 등기신청서에는 등기 사항의 변경을 증명하는 서류를 첨부하여야 합니다(「협동조합 기본법」 제64조제3항·제4항 및 제110조).
규약 또는 규정의 변경
사회적협동조합의 운영 및 사업실시에 필요한 사항으로서 정관으로 정하는 것을 제외하고는 규약 또는 규정으로 정할 수 있습니다(「협동조합 기본법」 제17조 및 제88조).
규약은 정관으로 정하는 것을 제외하고 사회적협동조합의 조직과 사업 활동에 필요한 사항을 정한 것으로 총회에서 제정·변경해야 하며 정관과 달리 관계 중앙행정기관의 장의 인가가 필요 없으므로 총회의 결의로써 그 효력이 발생합니다(「협동조합 기본법」 제29조제1항제2호 및 제92조).
규약의 예로는 총회운영규약, 현물출자에 관한 규약, 선거관리규약, 잉여금배당규약 등이 있습니다.
규정은 정관, 규약에 비하여 비교적 경미한 사항을 정한 내부규정으로 규정의 제정·변경 및 폐지는 이사회의 결의만으로 할 수 있습니다(「협동조합 기본법」 제33조제3호 및 제92조).
협동조합의 경우 신고만으로 자유롭게 설립이 가능하되, 별도의 지원도 없으며 협동조합법령을 위반하는 경우를 제외하고는 별도의 감독도 없습니다.
반면, 사회적협동조합은 비영리법인으로 인가를 받아야 하며 이에 따라 「민법」상 비영리법인에 준해 세제 혜택을 받는 대신, 관계 중앙행정기관(부·처·청과 방송통신위원회, 원자력안전위원회, 공정거래위원회, 금융위원회, 국민권익위원회 및 개인정보 보호위원회를 말함. 이하 같음)의 규제와 감독을 받아야 합니다(「협동조합 기본법」 제4조제2항, 제85조제1항, 제111조 및 「협동조합 기본법 시행령」 제32조제1항제8호 참조).
업무감독
관계 중앙행정기관의 장은 사회적협동조합의 자율성을 존중하여야 하며, 그 업무를 감독하고 감독을 위하여 필요한 명령을 할 수 있습니다(「협동조합 기본법」 제111조제1항).
관계 중앙행정기관의 장은 다음의 어느 하나에 해당하는 경우 사회적협동조합(설립 중인 경우를 포함함. 이하 같음)에 대하여 그 업무 및 재산에 관한 사항을 보고하게 하거나 소속 공무원으로 하여금 해당 사회적협동조합의 업무상황·장부·서류, 그 밖에 필요한 사항을 검사하게 할 수 있습니다(「협동조합 기본법」 제111조제2항).
※ 검사를 하는 공무원은 그 권한을 표시하는 증표를 지니고 이를 관계인에게 내보여야 합니다(「협동조합 기본법」 제111조제4항)
기획재정부장관은 직권 또는 신고에 따라 사회적협동조합의 활동사항을 조사하여 다음의 어느 하나에 해당하여 실제 활동하지 않았다고 인정되는 사회적협동조합에 대해서는 일정한 기한을 정하여 업무의 시정과 그 밖에 필요한 조치를 명할 수 있습니다(「협동조합 기본법」 제111조제3항).
1. 조합원 수가 최저 발기인 수 미만으로 1년 이상 경과한 경우
2. 총회를 2년 이상 연속하여 개최하지 않은 경우
3. 사회적협동조합의 사업을 1년 이상 계속하여 수행하지 않은 경우
설립인가의 취소
관계 중앙행정기관의 장은 사회적협동조합이 다음의 어느 하나에 해당하게 되면 설립인가를 취소할 수 있습니다. 다만, 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 설립인가를 받은 경우에는 취소해야 합니다(「협동조합 기본법」 제112조제1항, 「협동조합 기본법 시행령」 제19조 및 제32조제1항제9호).
정당한 사유 없이 설립인가를 받은 날부터 1년 이내에 주 사업을 개시하지 않거나 1년 이상 계속하여 사업을 실시하지 않은 경우
내부규정의 제·개정 
정관변경
정관은 사회적협동조합의 조직형태, 운영방법 및 사업 활동 등에 관한 기본적인 사항을 규정한 최고의 내부규정으로서 그 변경은 총회에서만 할 수 있습니다(
정관 변경인가 신청서( 협동조합 기본법 시행규칙」 별지 제22호서식)