식물검역관은 식물 등 중 수출입 검역 대상 물건(이하 “식물검역대상물품”이라 함)의 수입검역 결과 「식물방역법」 제8조부터 제11조까지에 위반되지 않고, 규제병해충 및 잠정규제병해충이 붙어 있지 않다고 인정되거나 소독처리되어 경제적 피해를 줄 우려가 없다고 인정되는 식물검역대상물품에 대하여는 합격으로 처리하고 그 결과를 관계 행정기관에 통보해야 하는데, 이 경우 수입하는 사람이 요청하는 경우에는 수입식물 검역합격증명서를 발급해야 합니다(「식물방역법」 제17조제1항 및 「식물방역법 시행규칙」 제29조 본문, 별지 제16호서식).
소량으로 수입되는 식물검역대상물품으로서 식물검역관이 직접 처리하는 것이 효율적이라고 판단되고 그 소유자나 대리인의 동의를 받은 경우
소독·폐기 등 명령을 받은 소유자 또는 대리인이 위의 이행기간까지 명령을 이행하지 않는 경우
소유자나 대리인이 분명하지 않거나 그의 소재를 알 수 없어 소독·폐기 등 명령을 할 수 없는 경우
휴대수입 또는 우편물검역
식물검역관은 우편물검역을 받지 않은 식물검역대상물품이 담겨져 있는 우편물을 받은 경우 수입검역을 받지 않거나 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 검역을 받은 경우에는 그 식물검역대상물품의 소유자나 대리인에게 폐기·반송, 그 밖에 필요한 조치를 명해야 합니다(「식물방역법」 제16조제1항제7호).
소량으로 수입되는 식물검역대상물품으로서 식물검역관이 직접 처리하는 것이 효율적이라고 판단되고 그 소유자나 대리인의 동의를 받은 경우
소독·폐기 등 명령을 받은 소유자 또는 대리인이 위의 이행기간까지 명령을 이행하지 않는 경우
소유자나 대리인이 분명하지 않거나 그의 소재를 알 수 없어 소독·폐기 등 명령을 할 수 없는 경우
식물검역대상물품을 수입하는 경우 제출한 전량 소독계획서를 검토한 결과 규제병해충을 완전히 죽여 없앨 수 있다고 인정되면 식물검역관은 선상검역을 생략하고 물품을 수입하는 자가 소독을 하게 할 수 있습니다(「식물방역법」 제12조제6항 및 「식물방역법 시행규칙」 제16조 단서).
목재포장재의 경우
식물검역관은 목재포장재의 검사를 한 결과 수입되는 물품의 목재포장재에서 규제병해충이나 잠정규제병해충이 검출된 경우에는 소독 또는 폐기를 명해야 합니다(「식물방역법」 제12조의2제3항).
목재포장재의 소독은 열처리 또는 메틸브로마이드 훈증처리 방법으로 하며, 폐기는 소각, 매몰(1미터 이상의 깊이로 파야하며, 흰개미나 선충 또는 뿌리병원균이 검출된 목재포장재는 제외함), 가공처리 및 분쇄 그 밖에 검역본부장이 정하는 방법으로 합니다(「식물방역법 시행규칙」 제18조의3제4항 및 제5항).
검역증명서 교부 
화물수입검역
식물검역관은 식물 등 중 수출입 검역 대상 물건(이하 “식물검역대상물품”이라 함)의 수입검역 결과 
식물검역관은 소독·폐기·반송·반출, 그 밖에 필요한 조치를 할 것을 명하는 경우에는 회수·