피해자는 재일조선인의 특수한 역사적 사정에 입각하여 한국과 북한의 국적을 선택하지 않고 있다. 이러한 사정에 비추어 볼 때, 피진정인이 조선국적의 재일조선인인 피해자에게 남한에 입국하는 과정에서 국적선택을 조건으로 하거나 이를 직·간접적으로 종용하는 행위는 피해자의 정치적 신념이나 세계관에 반하는 행동을 강요하는 결과를 낳게 되며, 이는 「대한민국헌법」 제19조의 양심의 자유를 침해한 행위라고 판단된다.

종립학교(종교단체가 설립한 사립학교)가 고등학교 평준화정책에 따라 강제로 배정된 학생들을 상대로 특정 종교의 교리를 전파하는 종파적인 종교행사와 종교과목 수업을 실시하면서 참가 거부가 사실상 불가능한 분위기를 조성하고 대체과목을 개설하지 않는 등 신앙을 갖지 않거나 학교와 다른 신앙을 가진 학생의 기본권을 고려하지 않은 것은, 우리 사회의 건전한 상식과 법감정에 비추어 용인될 수 있는 한계를 벗어나 학생의 종교에 관한 인격적 법익을 침해하는 위법한 행위이고, 그로 인하여 인격적 법익을 침해받는 학생이 있을 것임이 충분히 예견가능하고 그 침해가 회피가능하므로 과실도 인정된다.

종교의 자유의 보장 내용이 단순히 형식적으로 종교활동의 참여를 활성화하고 보장한다는 의미가 아니라 종교를 갖지 않을 권리 및 종교행사에의 불참석까지도 인정하는 신앙의 자유, 그리고 위력 있는 3대 종교 뿐 만 아니라 소수 종교를 선택할 수 있는 실질적인 종교의 자유를 보장하는 의미로 이해되어야 한다.