사업자 폐업신고는 부가가치세 확정신고와 함께 할 수도 있습니다. 부가가치세 확정신고를 할 때 그 부가가치세 확정신고서에 폐업연월일 및 사유를 기재하고 사업자등록증과 폐업신고확인서를 제출하면 폐업신고서를 제출한 것으로 보기 때문에 따로 폐업신고서를 제출하지 않아도 됩니다(「부가가치세법 시행령」 제13조제3항).
사업자가 휴업하거나, 사업자등록을 마친 사업자가 사실상 사업을 시작하지 않게 되는 경우에는 휴업신고나 폐업신고를 해야 합니다. 이 때의 휴업 또는 폐업신고 절차는 위와 동일합니다(「부가가치세법 시행령」 제13조제1항 본문).
사업자가 폐업하는 경우에는 사업장 관할 세무서장에게 폐업일이 속하는 부가가치세의 과세기간 개시일부터 폐업일까지의 사업실적에 대해 과세표준과 납부세액(일반과세자인 경우는 납부세액 또는 환급세액)을 신고하고, 그 과세기간에 대한 납부세액을 납부해야 합니다(「부가가치세법」 제5조제3항, 제49조제1항 및 제67조제1항).