시장·군수 또는 자치구구청장이나 주무부장관 또는 지방자치단체의 장(이하 “시장·군수등”이라 함)은 농지의 타용도 일시사용허가를 받거나 농지의 타용도 일시사용신고를 한 자(농지의 타용도 일시사용에 관한 협의를 거친 다른 법률에 따른 사업 또는 사업계획 등의 인가·허가 또는 승인 등을 받은 자를 포함함. 이하 "복구의무자"라고 함)가 복구계획에 따라 농지로 복구하지 않으면 복구의무자를 대신하여 해당 토지를 농지로 복구하거나 복구의무자로 하여금 복구하게 할 수 있습니다(「농지법 시행령」 제42조제1항).
시장·군수등은 예치된 복구비용을 복구대행비로 충당하고, 잔액이 있는 경우에는 다음의 구분에 따라 이를 반환해야 합니다(「농지법 시행령」 제42조제2항 전단).
현금·정기예금증서·수익증권으로 예치된 경우: 복구비를 예치한 자에게 반환
그 외의 경우: 보증보험증권발행자나 그 밖의 지급보증서 등 발행자에게 반환
복구비용예치금의 반환
시장·군수등은 복구비용을 예치한 자가 복구계획에 따라 농지로의 복구를 모두 이행한 때에는 현금으로 예치한 경우에는 복구비용과 이자를, 보증서 등으로 예치한 경우에는 그 보증서 등을 해당 복구비용을 예치한 자에게 반환해야 합니다(「농지법」 제36조제5항, 제36조의2제6항 및 「농지법 시행령」 제43조제1항).
시장·군수등은 복구비용예치금의 반환청구가 있으면 지체 없이 이를 청구인에게 반환해야 합니다(「농지법 시행령」 제43조제3항).
Q. 농지의 타용도 일시사용허가 기간 만료 시 반드시 농지로 복구한 후 농지전용허가를 신청해야 하나요?
A. 농지의 타용도 일시사용허가를 받아서 사용하다가 일시사용기간이 만료되었을 경우에는 원칙적으로 해당 토지를 농지로 원상복구한 후 농지전용허가를 신청하여야 할 것입니다.다만, 그 즉시 전용목적사업에 착수할 예정이며, 원상복구에 과다한 복구비용이 소요되는 등 원상복구하기가 적절하지 않은 때에는 농지로 복구하지 않은 상태에서도 농지전용허가를 신청할 수 있습니다.
복구비용예치금 사용 및 반환 
복구비용예치금의 사용
시장·군수 또는 자치구구청장이나 주무부장관 또는 지방자치단체의 장(이하 “시장·군수등”이라 함)은 농지의 타용도 일시사용허가를 받거나 농지의 타용도 일시사용신고를 한 자(농지의 타용도 일시사용에 관한 협의를 거친 다른 법률에 따른 사업 또는 사업계획 등의 인가·허가 또는 승인 등을 받은 자를 포함함. 이하 "복구의무자"라고 함)가 복구계획에 따라 농지로 복구하지 않으면 복구의무자를 대신하여 해당 토지를 농지로 복구하거나 복구의무자로 하여금 복구하게 할 수 있습니다(
현금·정기예금증서·수익증권으로 예치된 경우: 복구비를 예치한 자에게 반환