다음 어느 하나에 해당하면 농지보전부담금이 감면될 수 있습니다(「농지법」 제35조제1항 및 제38조제6항).
국가나 지방자치단체가 공용 목적이나 공공용 목적으로 농지를 전용하는 경우
중요 산업 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우
농업인 주택, 농축산업용 시설(개량시설과 농축산물 생산시설은 제외), 농수산물 유통·가공 시설, 어린이놀이터·마을회관 등 농업인의 공동생활 편의 시설, 농수산 관련 연구 시설과 양어장·양식장 등 어업용 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우(「농지법」 제35조제1항)
※ 농지보전부담금의 구체적인 감면대상 및 감면비율은 「농지법 시행령」 별표 2에서 확인할 수 있습니다.
농지보전부담금 환급 및 감면 
환급 사유
다음 어느 하나에 해당하는 경우에는 그에 해당하는 농지보전부담금이 환급됩니다(
농지보전부담금을 낸 자의 허가가 취소된 경우
