유료도로관리청 또는 유료도로관리권자는 해당 유료도로를 통행하는 차량에 대하여 그 구조·중량 등을 고려하여 차량의 종류별로 통행료를 받습니다(「유료도로법」 제15조제1항).
2022년 12월 31일까지 고속국도를 이용하는 수소전기자동차로서 전자적인 지불수단 중 수소전기자동차 전용 지불수단을 이용하여 통행료를 납부하는 차량에 대하여는 통행료를 50% 감면합니다(「유료도로법」 제15조제2항, 「유료도로법 시행령」 제8조제1항제9호 및 제3항제2호바목).
※ 다른 통행료 감면 사유가 있는 경우 가장 높은 감면율만 적용됩니다.
혼잡통행료 감면
도시교통정비지역으로 지정된 행정구역을 관할하는 시장(특별시장·광역시장·특별자치시장 및 특별자치도지사를 포함, 이하 같음)은 통행속도 또는 교차로 지체시간 등을 고려하여 혼잡통행료 부과지역을 지정하고, 일정 시간대에 혼잡통행료 부과지역으로 들어가는 자동차에 대하여 혼잡통행료를 부과·징수할 수 있습니다(「도시교통정비 촉진법」 제35조제1항).
수소전기자동차는 혼잡통행료의 50% 이상을 감면하되, 구체적인 감면율은 해당 지방자치단체의 조례로 정합니다(「도시교통정비 촉진법」 제35조제4항).
특별시장·광역시장, 시장·군수 또는 구청장은 노상주차장의 효율적인 이용을 위하여 필요한 경우에 노상주차장의 일부에 대하여 수소전기자동차 등을 위한 전용주차구획을 설치할 수 있습니다(「주차장법」 제10조제1항 본문 및 제1항제3호).
택지개발사업, 산업단지개발사업, 항만배후단지개발사업, 도시재개발사업, 도시철도건설사업, 그 밖에 단지 조성 등을 목적으로 하는 사업(이하 "단지조성사업등"이라 함)을 시행할 때에는 일정 규모 이상의 노외주차장을 설치해야 하며, 노외주차장에는 수소전기자동차 등 환경친화적 자동차을 위한 전용주차구획을 다음의 기준 모두 충족되도록 설치해야 합니다(「주차장법」 제12조의3제1항·제3항 및 「주차장법 시행령」 제4조).
경형자동차를 위한 전용주차구획과 환경친화적 자동차를 위한 전용주차구획을 합한 주차구획: 총주차대수의 10% 이상
수소·산소·액화암모니아·아세틸렌·액화염소·천연가스·압축모노실란·압축디보레인·액화알진, 그 밖에 「고압가스 안전관리법 시행령」으로 정하는 고압가스(이하 "특정고압가스"라 함)를 사용하려는 자로서 자동차 연료용으로 특정고압가스를 공급받아 사용하려는 자는 특정고압가스를 사용하기 전에 미리 시장·군수 또는 구청장에게 신고해야 합니다. 다만, 「자동차관리법」 제5조에 따라 자동차등록을 한 자로서 등록한 내용에 특정고압가스의 사용에 관한 사항이 포함되어 있으면 특정고압가스 사용의 신고를 한 것으로 봅니다(「고압가스 안전관리법」 제20조제1항 및 「고압가스 안전관리법 시행규칙」 제46조제1항제5호).
특정고압가스 사용신고자의 안전교육
특정고압가스 사용신고자는 특별시장·광역시장·특별자치시장·도지사·특별자치도지사나 시장·군수·구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말함)이 실시하는 교육을 받아야 합니다(「고압가스 안전관리법」 제23조제1항·제3항).
특별교육의 대상자가 된 사람은 그 날부터 1개월 이내에 교육수강신청을 해야 합니다. 다만, 부득이한 사유로 교육수강신청을 하지 못한 사람은 그 사유가 끝난 날부터 1개월 이내에 교육수강신청을 하여야 합니다(「고압가스 안전관리법 시행규칙」 제51조제1항 및 별표 31 제2호가목).
수소전기자동차의 운행 관련 지원 
고속도로 통행료 감면
유료도로관리청 또는 유료도로관리권자는 해당 유료도로를 통행하는 차량에 대하여 그 구조·중량 등을 고려하여 차량의 종류별로 통행료를 받습니다(
경형자동차를 위한 전용주차구획과 환경친화적 자동차를 위한 전용주차구획을 합한 주차구획: 총주차대수의 10% 이상