건강기능식품에 표시해야 하는 사항의 표시가 없거나 표시방법을 위반한 식품등은 판매하거나 판매할 목적으로 제조·가공·소분[(小分): 완제품을 나누어 유통을 목적으로 재포장하는 것을 말함]·수입·포장·보관·진열 또는 운반하거나 영업에 사용해서는 안 됩니다(「식품 등의 표시·광고에 관한 법률」 제4조제3항).
식품의약품안전처장, 특별시장·광역시장·특별자치시장·도지사·특별자치도지사(이하 "시·도지사"라 함) 또는 시장·군수·구청장(자치구의 구청장을 말함. 이하 같음)은 이를 위반한 자에게 식품등을 판매하거나 판매할 목적으로 제조·가공·소분·수입·포장·보관·진열 또는 운반하거나 영업에 사용한 자에게 시정명령, 영업의 전부 또는 일부를 정지하거나 영업허가 또는 등록을 취소, 영업소 폐쇄를 명할 수 있습니다(「식품 등의 표시·광고에 관한 법률」 제14조제1호, 제16조제1항제1호, 제2항 및 제3항제1호)
영업자(「수입식품안전관리 특별법」 제15조에 따라 등록한 수입식품등 수입·판매업자를 포함)는 다음의 어느 하나에 해당하는 생명공학기술을 활용하여 재배·육성된 농산물·축산물·수산물 등을 원재료로 하여 제조·가공한 건강기능식품(이하 "유전자변형건강기능식품"이라 함)에 유전자변형건강기능식품임을 표시해야 합니다. 다만, 제조·가공 후에 유전자변형 디엔에이(DNA, Deoxyribonucleic acid) 또는 유전자변형단백질이 남아 있는 유전자변형건강기능식품에 한정합니다(「건강기능식품에 관한 법률」 제17조의2제1항).
인위적으로 유전자를 재조합하거나 유전자를 구성하는 핵산을 세포 또는 세포 내 소기관으로 직접 주입하는 기술
분류학에 따른 과(科)의 범위를 넘는 세포융합기술
영업자는 유전자변형건강기능식품 표시를 해야 하는 유전자변형건강기능식품에 표시를 하지 않고 판매하거나 판매할 목적으로 수입·진열·운반하거나 영업에 사용해서는 안 됩니다(「건강기능식품에 관한 법률」 제17조의2제2항).
식품의약품안전처장은 우수한 건강기능식품의 제조 및 품질관리를 위하여 「우수건강기능식품 제조기준 운영에 관한 규정」을 운영하고 있으며, 건강기능식품제조업자가 동 고시에 적합한 요건을 갖추어 신청을 하여 현장조사 등으로 적합한지 확인이 되면 우수건강기능식품제조기준 적용업소로 지정하고, 아래와 같은 표시를 사용할 수 있습니다(「건강기능식품에 관한 법률」 제22조).
※ 다만, 2016.2.3.년 법률개정에 따라 모든 건강기능식품제조기준을 준수하도록 법률이개정되었으며, 2017.4.7.일 이후 제조업 영업허가를 신청하는 업체는 반드시 우수건강기능식품제조기준에 적합하여야 합니다. 또한 2017.4.7.일 이전에 영업허가를 받은 건강기능식품제조업체는 다음 구분에 따른 날까지 반드시 우수건강기능식품제조기준을 준수하여야 합니다.
￭2017년 매출액이 20억 이상인 제조업자: 2018년 12월 1일
￭2017년 매출액이 10억 이상 20억 미만인 제조업자: 2019년 12월 1일
￭2017년 매출액이 10억 미만인 제조업자: 2020년 12월 1일
우수건강기능식품 제조기준 표시
우수건강기능식품 제조기준(GMP) 적용지정업소의 제품에는 "GMP적용업소" 라는 문구 또는 우수건강기능식품 제조기준(GMP) 적용지정업소임을 나타내는 다음의 도안을 표시할 수 있습니다(「건강기능식품에 관한 법률」 제22조, 「건강기능식품의 표시기준」 제6조제11호 마목 및 별표 2).
"건강기능식품 이력추적관리"란 건강기능식품을 제조하는 단계부터 판매하는 단계까지 각 단계별로 정보를 기록·관리하여 해당 건강기능식품의 안전성 등에 문제가 발생할 경우 해당 건강기능식품을 추적하여 원인을 규명하고 필요한 조치를 할 수 있도록 관리하는 것을 말합니다(「건강기능식품에 관한 법률」 제3조제6호).
￭ 제품 원재료관련 정보 : 원재료명 또는 성분명, 원산지(국가명), 유전자재조합식품 여부
￭ 기능성 내용
￭ 출고일자
￭ 회수대상 여부 및 회수사유
수입건강기능식품
￭ 유통이력추적관리번호
￭ 수입업소 명칭 및 소재지
￭ 제조국
￭ 제조회사 명칭 및 소재지
￭ 유전자재조합식품표시
￭ 제조일자
￭ 유통기한 또는 품질유지기한
￭ 수입일자
￭ 원재료명 또는 성분명
￭ 기능성 내용
￭ 회수 대상 여부 및 회수사유
￭ 수입식품 등의 유통이력추적관리
식품의약품안전처장은 수입 건강기능식품에 문제가 발생할 경우 그 수입 건강기능식품을 추적하여 원인을 규명하고 필요한 조치를 할 수 있도록 관리하기 위해 필요하다고 판단되는 경우에는 유통이력추적관리 대상 수입 건강기능식품을 정하여 영업자로 하여금 유통이력추적관리 등록을 하도록 할 수 있습니다(「수입식품안전관리 특별법」 제23조제1항 본문).
건강기능식품 표시 확인 
건강기능식품 표시
건강기능식품에는 다음의 표시를 해야 합니다(
제품명, 내용량 및 원료명
