식물검역대상물품을 수입하는 자는 처음으로 도착한 수입항에서 검역을 받아야 하며, 식물검역관은 농림축산검역본부장이 지정하는 장소에서 검역을 실시합니다(「식물방역법」 제12조제1항 본문 및 제14조제1항).
※ 처음으로 도착한 수입항에서 검역을 받지 않고 식물검역대상물품을 보세운송한 자는 1천만원 이하의 과태료가 부과됩니다(「식물방역법」 제50조제1항제1호).
보세운송된 도착지
농림축산검역본부장은 처음으로 도착한 수입항에서 검역을 받지 않고 보세운송된 식물검역대상물품에 대해 병해충의 위험성 및 확산 가능성 등을 고려하여 필요하다고 인정하면 보세운송된 도착지에서 검역을 할 수 있습니다(「식물방역법」 제12조제3항).
선박·차량 또는 항공기
식물검역관은 다음에 해당하는 경우 통관에 앞서 선박·차량 또는 항공기 안에 들어가서 해당 식물검역대상물품을 검역(이하“선상검역”이라 함)할 수 있습니다(「식물방역법」 제12조제6항 및 「식물방역법 시행규칙」 제16조 본문).
전용 선박으로 곡류, 박류(박류: 식물성 원료에서 원하는 물질을 짜고 남은 찌꺼기), 코프라 또는 타피오카를 수입하는 경우(곡분, 펠렛, 큐브 및 겨를 포함함)
전용 선박으로 목재류 또는 죽재류를 수입하는 경우
그 밖에 수입되는 식물검역대상물품에 규제병해충이 있다고 의심되고 그 규제병해충이 퍼질 우려가 있다고 인정되는 경우
다만, 해당 물품을 수입하는 자가 제출한 전량 소독계획서를 검토한 결과 규제병해충을 완전히 죽여 없앨 수 있다고 인정되면 식물검역관은 선상검역을 생략하고 수입자가 소독을 하게 할 수 있습니다(「식물방역법 시행규칙」 제16조 단서).
국외 생산지검역
농림축산식품부장관은 다음의 어느 하나에 해당하는 경우 식물검역관 또는 국제식물검역인증원에 소속된 직원을 수출국에 보내 수입할 식물과 그 식물을 넣거나 싸는 용기·포장(이하 “식물등”이라 함)에 대한 검역(이하 “국외 생산지검역”이라 함)을 하게 할 수 있습니다(「식물방역법」 제19조제1항).
수출국이 해당 국가의 식물등을 수출하기 위해 해당 국가에서 수출 전에 검역을 요청하는 경우
수입금지 식물로서 그 식물에 서식하는 병해충에 대한 위험관리방안을 그 수출국이 제시하고, 농림축산식품부장관이 그 타당성에 대해 병해충위험분석을 한 결과 국내 식물에 피해를 줄 우려가 없다고 인정한 식물(「식물방역법」 제10조제2항제2호)을 수입하는 경우
그 밖에 규제병해충의 유입을 방지하기 위해 농림축산식품부장관이 필요하다고 인정하는 경우
※ 국외 생산지검역의 결과가 표시된 검역합격증명서가 첨부된 식물등은 선상검역 및 격리재배 검역을 실시하지 않습니다(「식물방역법」 제19조제3항).
식물검역대상물품의 수입장소 
수입항
식물검역대상물품은 항만·공항·기차역 등 
전용 선박으로 곡류, 박류(박류: 식물성 원료에서 원하는 물질을 짜고 남은 찌꺼기), 코프라 또는 타피오카를 수입하는 경우(곡분, 펠렛, 큐브 및 겨를 포함함)