대체복무요원으로 복무하는 학생은 소집 또는 복무와 동시에 휴학하게 되고, 그 복무를 마쳤을 때에는 원할 경우 복학할 수 있습니다. 만약 등록기간이 지났어도 학사일정에 지장이 없는 경우에는 본인이 원할 경우 복학 가능합니다(「병역법」 제73조제1항).
소집 또는 복무로 인하여 휴학 중인 사람이 방송·통신 또는 인터넷 등 정보통신망을 활용한 원격수업을 수강하여 학점을 취득하고자 하는 경우 학칙으로 정하는 바에 따라 등록을 허용할 수 있습니다. 등록이 허용된 경우 복무기관의 장은 복무에 지장이 없는 범위에서 원격수업을 수강할 수 있도록 하고, 원격수업 수강에 필요한 통신장비 및 시설을 갖추도록 노력해야 합니다(「병역법」 제73조제2항·제3항).
취업 및 직장 관련 보장
국가유공자 등에게 취업을 지원하는 기관은 대체복무요원 복무를 마친 사람이 채용시험에 응시하는 경우 응시상한연령을 3세까지 연장해야 하며, 대체복무요원으로 복무 중인 사람은 복무 만료 예정일 전 6개월 전부터 복무를 마친 사람으로 간주되어 채용시험에 응시할 수 있습니다(「병역법」 제74조의2 및 「병역법 시행령」 제151조의2).
국가기관, 지방자치단체의 장 또는 고용주는 소속 공무원이나 임직원이 대체복무요원 복무를 하게 된 경우에는 휴직하게 하고, 그 복무를 마치면 복직시켜야 합니다. 다만, 그 공무원이나 임직원이 복무 중 범죄행위로 인하여 제적·전역 또는 소집해제된 경우에는 복직시키지 않을 수 있습니다(「병역법」 제74조제1항).
복무를 마치고 복직한 대체복무요원의 승진 시 의무복무기간을 실제근무기간으로 산정해야 하며, 의무복무기관에서 지급하는 보수와 대체복무요원으로 복무하기 이전에 받던 보수의 차액의 범위에서 상당한 보수를 지급할 수 있습니다. 다만, 대체복무요원의 의무복무기간을 마친 사람의 실제근무기간으로 산정해야 할 기간은 18개월이며, 18개월 미만인 사람에 대해서는 실제복무기간으로 합니다(「병역법」 제74조제2항 및 「병역법 시행령」 제151조).
국가기관, 지방자치단체의 장 또는 고용주는 공무원이나 임직원의 임용·채용 및 승진에서 소집 등의 병역의무를 이행할 것 또는 이행하였던 것을 이유로 불리한 처우를 하지 못합니다(「병역법」 제74조제3항).
건강보험료의 정부지원
휴직이나 그 밖의 사유로 보수의 전부 또는 일부가 지급되지 않는 국민건강보험 직장가입자 또는 지역가입자인 대체복무요원은 정부에서 국민건강보험료를 지원받을 수 있습니다(「병역법」 제77조의3제1항).
건강보험료는 대체복무요원으로 소집된 날부터 해제되는 날까지 매월 지급됩니다. 다만, 대체복무요원이 징역·금고 또는 구류의 형을 받거나 복무를 이탈한 경우 복무기간으로 산입하지 않는 형의 집행일수 또는 복무이탈일수는 제외되며, 휴직 사유 등이 끝날 때까지 납입 고지를 유예하는 휴직자 등의 보험료의 경우에는 일시금으로 지급될 수 있습니다(「병역법」 제77조의3제2항 및 「병역법 시행령」 제155조의3제1항·제2항).
보상금, 간호수당, 부양가족수당, 중상이부가수당, 교육지원, 직업훈련 등의 취업지원, 재활지원 등의 의료지원 등
※ 공상(公傷): 국가의 수호·안전보장 또는 국민의 생명·재산 보호와 직접적인 관련이 있는 직무수행이나 교육훈련 중 입은 부상(질병 포함)
※ 순직군경(殉職軍警): 국가의 수호·안전보장 또는 국민의 생명·재산 보호와 직접적인 관련이 있는 직무수행이나 교육훈련 중 사망한 사람(질병으로 사망한 사람도 포함)
※ 공상군경(公傷軍警): 국가의 수호·안전보장 또는 국민의 생명·재산 보호와 직접적인 관련이 있는 직무수행이나 교육훈련 중 질병을 포함한 상이(傷痍)를 입고 전역하거나 퇴직한 사람 또는 6개월 이내에 전역이나 퇴직하는 사람으로서 그 상이정도가 국가보훈부장관이 실시하는 신체검사에서 상이등급으로 판정된 사람
※ 재해사망군경: 국가의 수호·안전보장 또는 국민의 생명·재산 보호와 직접적인 관련이 없는 직무수행이나 교육훈련 중 사망한 사람(질병으로 사망한 사람 포함)
※ 재해부상군경: 국가의 수호·안전보장 또는 국민의 생명·재산 보호와 직접적인 관련이 없는 직무수행이나 교육훈련 중 상이(질병 포함)를 입고 전역(퇴역·면역 또는 상근예비역 소집해제 포함)하거나 퇴직(면직 포함)한 사람 또는 6개월 이내에 전역이나 퇴직하는 사람으로서 그 상이정도가 국가보훈부장관이 실시하는 신체검사에서 상이등급으로 판정된 사람
재해보상금의 지급
대체복무요원으로 복무 중에 순직(공상 또는 공무상 질병으로 사망한 경우 포함)하거나 공상 또는 공무상 질병을 얻은 경우에는 재해보상금이 지급되며, 재해보상금은 사망보상금과 장애보상금으로 나뉩니다(「병역법」 제75조의2제1항 본문 및 「병역법 시행령」 제153조의2제1항).
다만, 다른 법령에 따라 국가·지방자치단체 또는 공공단체가 부담하는 같은 종류의 보상금을 받은 사람에 대해서는 그 보상금에 상당하는 금액은 제외하고 지급됩니다(「병역법」 제75조의2제1항 단서).
순직하거나 공상 또는 공무상 질병을 얻은 대체복무요원의 복무기관이 국가기관인 경우에는 국가가, 지방자치단체의 기관인 경우에는 해당 지방자치단체가, 공공단체인 경우에는 해당 공공단체가 재해보상금을 부담합니다(「병역법 시행령」 제153조의2제2항).
적과의 교전이나 무장폭동 또는 반란을 진압하기 위한 직무 수행과 관련된 부상 또는 질병으로 인한 심신장애
각 등급에 따른 지급액의 2.5배
특수직무공상
생명과 신체에 대한 고도의 위험을 무릅쓴 직무 수행과 관련된 부상 또는 질병으로 인한 심신장애
각 등급에 따른 지급액의 1.88배
그 밖의 심신장애
제1급
공무원 전체의
기준소득월액 평균액의 9배
제2급
공무원 전체의
기준소득월액 평균액의 6배
제3급
공무원 전체의
기준소득월액 평균액의 4.5배
제4급
공무원 전체의
기준소득월액 평균액의 3배
장애보상금을 받으려는 사람은 복무기관의 장에게 장애보상금 청구서에 진단서를 첨부하여 제출해야 하며, 그 지급 절차는 다음과 같이 진행됩니다(「병역법 시행령」 제153조의4제3항부터 제6항까지, 「병역법 시행규칙」 제113조의2제2항 및 별지 제139호의3서식).
장애보상금을 받은 사람이 그 공상 또는 공무상 질병으로 사망한 경우에는 이미 지급한 장애보상금을 공제한 금액의 사망보상금이 지급됩니다(「병역법 시행령」 제153조의4 제7항).
공상 또는 질병 등의 치료지원
대체복무요원으로 복무 중에 공상 또는 공무상 질병을 얻은 사람은 국가·지방자치단체 또는 공공단체 등의 부담으로 군의료시설이나 국가·지방자치단체 또는 민간 의료시설에서 치료받을 수 있습니다. 또한 , 병역판정검사, 재병역판정검사, 입영판정검사, 신체검사(재신체검사를 포함), 체력검사 또는 확인신체검사가 직접적인 원인이 되어 치료 등이 필요하게 된 경우나 소집되어 입영 중에 부상을 입게 된 경우에도 국가의 부담으로 치료지원을 받을 수 있습니다(「병역법」 제75조제4항·제6항제1호·제2호).
치료지원을 받고자 하는 대체복무요원은 복무기관의 장의 부상확인서 또는 질병확인서를 첨부한 치료 신청서를 복무기관의 인근에 있는 국가·지방자치단체 또는 공공단체의 의료기관의 장에게 제출해야 합니다. 다만, 복무기관의 소재지나 인근에 국가·지방자치단체 또는 공공단체의 의료시설이 없고 응급조치를 위하여 치료 신청서를 제출할 시간적인 여유가 없는 경우에는 인근에 있는 민간의료시설에서 응급치료를 받을 수 있습니다(「병역법 시행령」 제153조제1항).
치료비용은 복무기관의 장이 부담하며, 이미 대체복무요원이 그 비용을 지급한 경우에는 치료일부터 최대 3년의 기간 동안 그 치료에 소요된 금액을 보상받을 수 있습니다(「병역법 시행령」 제153조제5항 본문).
일반적 보장 
학업에 대한 보장
대체복무요원으로 복무하는 학생은 소집 또는 복무와 동시에 휴학하게 되고, 그 복무를 마쳤을 때에는 원할 경우 복학할 수 있습니다. 만약 등록기간이 지났어도 학사일정에 지장이 없는 경우에는 본인이 원할 경우 복학 가능합니다(
사망보상금을 받으려는 사람은 복무기관의 장에게 사망보상금 청구서에 가족관계기록사항에 관한 증명서와 사망진단서를 첨부하여 제출해야 하고, 청구를 받은 복무기관의 장은 복무 중에 순직하였는지를 확인하여 사망보상금을 지급합니다(