건강기능식품은 유통되기 전 사전에 안전성 평가를 통해 안전성이 확보되었음을 확인함에도 불구하고 사용자의 오남용, 위해성분 혼입·오염, 개인별 특이한 생리반응 등에 의하여 다양한 부작용이 나타날 수도 있습니다. 그런데 부작용의 원인이 과학적으로 규명되기 전 까지는 건강기능식품 때문인 것으로 단정할 수 없기 때문에 ‘부작용’이라는 표현보다는 ‘이상사례’라는 표현을 사용합니다(식품안전나라-식품·안전-건강기능식품정보 참고).
일단 건강기능식품 섭취도중 불편함을 느꼈다면 당장 섭취를 중단하고, 병원을 찾아 전문가의 도움을 받아야 합니다. 만약 이 증상이 건강기능식품의 이상사례에 의한 것이라면 의사의 진단과 확인을 거쳐 구입가 환급과 치료비 및 경비 지급을 요구할 수 있습니다.
영업자(「약사법」 제20조에 따라 등록한 약국개설자 및 「수입식품안전관리 특별법」 제15조에 따라 등록한 수입식품등 수입·판매업자를 포함함)는 건강기능식품으로 인해 발생했다고 의심되는 바람직하지 않고 의도되지 않은 징후, 증상 또는 질병(이하 "이상사례"라 함)을 알게 된 경우에는 식품의약품안전처장에게 보고해야 합니다(「건강기능식품에 관한 법률」 제10조의2제1항)
※ 위 이상사례를 보고하려는 영업자는 해당 이상사례를 알게 된 날부터 7일 이내에 건강기능식품 이상사례 보고서를 식품안전정보원에 제출하면 됩니다(「건강기능식품에 관한 법률 시행규칙」 제12조의2).
식품의약품안전처장은 이상사례에 관한 보고를 받은 때에는 해당 건강기능식품의 안전성 및 이상사례와의 인과관계 등에 관한 조사·분석을 실시해야 합니다. 이 경우 식품의약품안전처장은 필요하다고 인정하는 때에는 영업자 또는 관련 이해관계인에게 진술하게 하거나 조사에 필요한 자료 및 물건 등의 제출을 요구할 수 있습니다(「건강기능식품에 관한 법률」 제10조의2제2항).
건강기능식품 이상사례 
건강기능식품 이상사례 발생
건강기능식품은 유통되기 전 사전에 안전성 평가를 통해 안전성이 확보되었음을 확인함에도 불구하고 사용자의 오남용, 위해성분 혼입·오염, 개인별 특이한 생리반응 등에 의하여 다양한 부작용이 나타날 수도 있습니다. 그런데 부작용의 원인이 과학적으로 규명되기 전 까지는 건강기능식품 때문인 것으로 단정할 수 없기 때문에 ‘부작용’이라는 표현보다는 ‘이상사례’라는 표현을 사용합니다(
