지원을 받기 위해서는 주무관청의 허가를 받아 등기한 법인이라도 중앙행정기관의 장이나 특별시장·광역시장·특별자치시장·도지사 또는 특별자치도지사(이하 '시·도지사'라 함)나 「지방자치법」 제198조제2항제1호에 따른 인구 100만 이상 대도시(이하 "특례시"라 함)의 장에게 등록을 신청해야 합니다(「비영리민간단체 지원법」 제4조제1항 및 「비영리민간단체 지원법 시행령」 제3조제1항 참조).
사업범위가 2개 이상의 특별시·광역시·특별자치시·도 또는 특별자치도에 걸쳐 있고, 2개 이상의 시·도에 사무소를 설치·운영하고 있는 단체인 경우에는 그 주된 공익활동을 주관하는 중앙행정기관의 장에게 신청해야 합니다( 「비영리민간단체 지원법 시행령」 제3조제1항).
그 외의 단체인 경우에는 해당 단체의 사무소가 소재하는 시·도의 특별시장·광역시장 또는 도지사에게 신청해야 합니다( 「비영리민간단체 지원법 시행령」 제3조제1항).