특별시장·광역시장·특별자치시장·도지사·특별자치도지사(이하 “시·도지사”라 함)는 가동시작 신고를 한 후 조업 중인 배출시설(폐수무방류배출시설은 제외)에서 배출되는 수질오염물질의 정도가 배출허용기준을 초과한다고 인정하는 경우에는 개선에 필요한 조치 또는 시설설치 기간 등을 고려하여 1년의 범위에서 기간을 정하여 사업자(공동방지시설 운영기구의 대표자 포함)에게 그 수질오염물질의 정도가 배출허용기준 이하로 내려가도록 필요한 조치를 취할 것(이하 “개선명령”이라 함)을 명할 수 있습니다(「물환경보전법」 제39조 및 「물환경보전법 시행령」 제39조제1항).

시·도지사는 개선명령을 하는 경우 배출허용기준을 초과한 정도, 배출허용기준을 초과한 시설 및 개선 시 고려해야 할 사항 등을 서면에 적어서 해야 합니다(「물환경보전법」 제39조 및 「물환경보전법 시행규칙」 제51조제2항).

개선명령을 받은 자가 천재지변이나 그 밖의 부득이한 사유로 개선기간에 개선명령의 이행을 마칠 수 없을 경우에는 그 기간이 끝나기 전에 시·도지사에게 6개월의 범위에서 개선기간의 연장을 신청할 수 있습니다(「물환경보전법 시행령」 제39조제2항).

조치명령을 받지 않은 자가 측정기기를 정상적으로 운영하기 어렵거나 배출허용기준을 초과할 우려가 있다고 인정하여 측정기기·배출시설 또는 방지시설(이하 “배출시설 등”이라 함)을 개선하려는 경우에는 개선계획서에 개선사유, 개선기간, 개선내용, 개선기간 중의 수질오염물질 예상배출량 및 배출농도 등을 적어 세부 개선명세서 1부를 첨부하여 시·도지사에게 제출하고 그 배출시설 등을 개선할 수 있습니다(「물환경보전법 시행령」 제40조제1항 본문, 「물환경보전법 시행규칙」 제52조제1항·제2항 및 별지 제22호서식).

개선계획서를 제출하거나 개선기간 내에 배출시설 등의 개선을 마친 경우에는 시·도지사에게 개선완료보고서를 제출하고 가동을 개시할 수 있습니다. 다만, 천재지변이나 그 밖의 부득이한 사유로 개선기간 이내에 개선조치를 마칠 수 없는 경우에는 그 기간이 끝나기 전에 시·도지사에게 개선기간의 연장을 신청할 수 있습니다(「물환경보전법 시행령」 제40조제2항, 「물환경보전법 시행규칙」 제52조제4항 및 별지 제23호서식).

개선명령을 이행하지 않은 경우에는 1차 위반 시 조업정지, 2차 위반 시 허가취소 또는 폐쇄명령을 받습니다[「물환경보전법」 제42조제1항제14호, 제71조, 「물환경보전법 시행규칙」 제105조제1항 및 별표22 제2호가목8)가)].

개선명령을 받은 자가 이행기간(연장기간 포함)내에 이행 보고를 하였으나 개선명령을 받은 원인이 되는 같은 항목에 대해 배출허용기준을 초과한 경우에는 1차 위반 시 개선명령, 2차·3차·4차 위반 시 각각 5일·10일·20일의 조업정지명령을 받습니다[「물환경보전법」 제40조, 제71조, 「물환경보전법 시행규칙」 제105조제1항 및 별표22 제2호가목9)].

개선명령·조업정지명령 또는 폐쇄명령을 받은 자가 그 명령을 이행한 때에는 시·도지사에게 보고해야 합니다(「물환경보전법」 제45조제1항).

시·도지사가 배출시설의 허가취소나 폐쇄명령을 하려면 「행정절차법」에 따른 청문절차를 거쳐야 합니다(「물환경보전법」 제72조제1호).

위의 처분에 이의가 있는 자는 행정심판을 청구하거나 행정소송을 제기할 수 있습니다.

개선명령 미이행으로 받은 조업정지명령 또는 폐쇄명령을 위반한 자는 5년 이하의 징역 또는 5천만원 이하의 벌금에 처해집니다(「물환경보전법」 제76조제6호 및 제7호).